Если по условиям договора выполняете работы поэтапно, то и расходы списывайте частями — по окончании каждого этапа. Только в учетной политике запишите, по какому принципу распределяете прямые расходы (письмо Минфина России от 12 сентября 2016 г. № 03-03-06/1/53178).